코호트 격리(Cohort Isolation)란 감염 질환 등을 막기 위해 감염자가 발생한 의료 기관을 통째로 봉쇄하는 조치를 가리킨다. 즉, 환자와 의료진 모두를 동일 집단(코호트)로 묶어 전원 격리해 감염병 확산 위험을 줄이는 방식이다.

코호트(cohort)는 동일 집단을 뜻하는 통계 용어인데, 보건 분야에서 쓰이는 코호트 격리란 바이러스나 세균성 감염 질환자가 나온 병원을 의료진들과 함께 폐쇄해 확산 위험을 줄이는 조치를 말한다. 즉, 특정 질병 발병 환자와 의료진을 동일 집단(코호트)으로 묶어 전원 격리하는 매우 높은 단계의 방역 조치다. 

2015년 국내에서 메르스가 확산될 당시 병원에서 집단 감염이 발생하는 등 상황이 심각해지자, 전국 9개 병원이 코호트 격리에 들어간 바 있다. 또 2020년 2월에는 코로나19가 집단적으로 발생한 경북 청도 대남병원 정신병동과, 확진자가 근무했던 부산 아시아드요양병원 등이 코호트 격리에 들어갔다.