보건복지부는 국공립병원 8개, 민간병원 37개 등 총 45개소를 협진 2단계 시범사업기관으로 지정했다. 

시범사업 기관은 국공립 병원 및 복지부 지정 전문병원을 우선 선정하되 지역별 분포 등을 고려했으며, 의과‧한의과 병원 참여 비율, 개설과목 및 협진 인프라 현황 등도 반영됐다.

2단계 시범사업은 2017년 11월 27일부터 1년간 시행되며 시범사업기관은 기관별 협진 매뉴얼을 필수적으로 구비하고 협진 상황을 모니터링해야 한다.

또한 협진의사 및 한의사는 사전협의를 통해 표준 협진 의뢰‧회신지를 작성해야 하며, 환자는 협진 절차에 대한 설명을 충분히 듣고, 동의서를 작성한 후 협진을 받아야 한다.

시범사업 대상자는 건강보험 가입자 및 의료급여 대상자를 포함하고 시범사업 기관에서 협진을 받는 외래환자를 대상으로 하며 대상 행위는 건강보험이 적용되는 급여 대상에 한정한다.

협진 대상 질환으로는 1단계 시범사업 결과(다빈도 질환), 협진 기관 대상 사전 조사, 자문단 의견 수렴 등을 통해 다빈도, 중증도 등을 종합적으로 고려하여 근골격계 질환, 신경계 질환 등을 선정했다.